Đại sư Rangjung Khyapdak Rigpe Dorje, thường được biết với tên gọi là Gyalwang Karmapa, sinh ngày rằm tháng 6 năm Mộc Tý (1923) ở Denkhok, vùng Derge, thuộc tỉnh Kham, miền đông Tây Tạng, trong một gia đình thuộc dòng quý tộc Athubsang. Mẹ ngài là bà Kalzang Chodron đã được nhiều bậc thầy khác nhau ở Derge - trong đó có cả đại sư Chokyi Dorje trụ trì chùa Dzok Chen thuộc phái Nyingma (Ninh-mã) - dự báo là bà sẽ mang thai một vị Đại Bồ Tát. Vì thế, bà liền đến ở trong một hang động linh thiêng, nơi trước đây đức Guru Rinpoche đã từng cư ngụ. Bà ở lại đây để chờ đợi cho đến khi sinh nở.
Cùng đi với bà có một vị Khenpo để hướng dẫn thực hiện nghi lễ tẩy tịnh. Khi sắp đến ngày sinh, bào thai bỗng nhiên biến mất hoàn toàn khỏi bụng mẹ và người mẹ trở lại trạng thái bình thường như người không mang thai. Hiện tượng kỳ lạ này chấm dứt đúng một ngày sau đó, và người mẹ cảm thấy hết sức khoan khoái, dễ chịu trước khi sinh nở.
Việc sinh nở diễn ra rất dễ dàng. Những người có mặt ở đó đều nghe thấy đứa bé vừa sinh ra nói với mẹ rằng nó sẽ không ở lâu với bà. Kỳ lạ hơn nữa, ly nước mà người ta mang đến cho bà khi ấy bỗng hóa thành một ly sữa. Những diễn tiến kỳ lạ trên khiến cho người mẹ càng tin chắc rằng mình đã hạ sinh một đứa con rất phi thường.
Vào thời điểm này, vị Tai Situ Pema Wangchok Gyalpo trong khi thiền định nhìn thấy một linh ảnh về sự tái sinh của đức Karmapa đời thứ mười lăm. Để xác nhận lại những gì đã thấy, ông liền cho người đến tu viện Tsurphu để hỏi xem ai là người đang giữ di thư của đức Karmapa. Khi ấy, mọi người mới nhớ lại là đức Karmapa đời thứ mười lăm đã không để lại di thư như tất cả các vị Karmapa trước đó đã từng làm. Các vị trưởng lão trong tu viện Tsurphu đã cho tìm kiếm trong tất cả các di vật để lại của ngài, hy vọng sẽ tìm ra một manh mối nào đó, nhưng tất cả đều thất vọng.
Trong khi tất cả các vị đệ tử của đức Karmapa đều lúng túng không biết làm sao xác định được sự tái sinh của ngài, họ liền cử những người đứng đầu tu viện Tsurphu và tu viện Palpung đến thỉnh cầu sự giúp đỡ của đức Đạt-lai Lạt-ma đời thứ mười ba là Tubten Gyatso trong việc tìm kiếm hóa thân tái sinh của đức Karmapa.
Sau khi nhập định quán sát, đức Đạt-lai Lạt-ma liền viết một thư phúc đáp gửi đến tu viện Palpung. Lá thư được đóng dấu và niêm kín, trong đó ngài mô tả những chi tiết có thể giúp các vị đệ tử tìm ra hóa thân tái sinh của đức Karmapa. Nhận được thư phúc đáp của đức Đạt-lai Lạt-ma, các vị ở tu viện Palpung hết sức vui mừng, liền lập tức thông báo tin vui này đến tu viện Tsurphu.
Khi tin mừng về sự giúp đỡ của đức Đạt-lai Lạt-ma được đưa từ Palpung đến Tsurphu, vị thị giả của đức Karmapa là Golok Gelong Jampal Tsultrim bỗng nhớ lại lời dặn dò của đức Karmapa trước lúc viên tịch. Ông liền lập tức mở túi vải màu đỏ khâu kín do đức Karmapa ban cho ngày trước ra. Bên trong quả nhiên là một bức di thư do chính tay đức Karmapa viết, mô tả chi tiết về sự tái sinh của ngài.
Jampal Tsultrim liền dâng bức di thư lên cho các vị trưởng lão của tu viện Tsurphu, và họ lập tức yêu cầu các vị Tai Situpa, Beru Khyentse, và Jamgon Kontrul tiến hành việc xác nhận. Kỳ diệu thay, các chi tiết trong bức di thư hoàn toàn trùng khớp với sự mô tả trong bức thư của đức Đạt-lai Lạt-ma, và cũng hoàn toàn phù hợp với những linh ảnh mà Pema Wangchok Gyalpo đã nhìn thấy.
Căn cứ vào những chi tiết này, một phái đoàn tìm kiếm lập tức được thành lập và lên đường tìm đến nơi đức Karmapa tái sinh. Ngay khi đến nơi, vị Tai Situpa đời thứ mười một là Pema Wangchok Gyalpo đã nhanh chóng nhận biết đứa trẻ chính là hóa thân tái sinh của đức Karmapa. Ông liền thỉnh cầu sự xác nhận của đức Đạt-lai Lạt-ma.
Vị Karmapa tái sinh trước hết được thọ giới sa-di với Tai Situpa và Jamgon Kongtrul Rinpoche, hai vị đệ tử xuất sắc của đức Karmapa đời thứ mười lăm. Sau đó, đức Đạt-lai Lạt-ma đời thứ mười ba là Tubten Gyatso cũng chính thức công nhận sự tái sinh này.
Karmapa Rangjung Rigpe Dorje vẫn ở lại Derge cho đến năm 8 tuổi. Khi ấy, người ta đã mang tất cả những lễ phục và cả chiếc vương miện kim cương màu đen của đức Karmapa đời thứ mười lăm từ Tsurphu đến cho ngài. Năm ấy, ngài chấp nhận lời mời của Situ Rinpoche và lên đường đến viếng thăm tu viện Palpung. Trên đường, ngài dừng lại ghé thăm và làm lễ ban phúc cho một nhà in của tu viện ở Derge. Tại đây, ngài đưa ra lời dự báo về một ấn bản kinh điển sẽ được ngài thực hiện tại Ấn Độ sau này.
Một buổi lễ đăng quang được vị Tai Situpa tổ chức để chính thức công nhận cương vị của ngài là Karmapa đời thứ mười sáu. Sau đó, vị Tai Situpa cùng đi với ngài đến Tsurphu, trụ sở của các vị Karmapa ở miền trung Tây Tạng. Tại đây, đức Karmapa được chào mừng bởi các vị Goshir Gyaltsab Rinpoche, Jamgon Kongtrul Rinpoche và Nenang Pawo Rinpoche.
Không bao lâu sau khi đến Tsurphu, đức Karmapa đời thứ mười sáu được đức Đạt-lai Lạt-ma đời thứ mười ba đón tiếp và chủ trì buổi lễ xuống tóc cho ngài. Trong khi thực hiện nghi lễ này, đức Đạt-lai Lạt-ma xác nhận là đã nhìn thấy vương miện kim cương màu đen tượng trưng cho trí tuệ, là biểu tượng vẫn thường xuyên hiện hữu trên đầu của tất cả các vị Karmapa.
Sau buổi lễ này, đức Karmapa chính thức nhận cương vị của ngài tại Tsurphu. Lễ đăng quang lần thứ hai được chủ trì bởi vị Tai Situpa và người đứng đầu trường phái Drukpa Karma Kagyu. Ngài tiếp nhận sự truyền thừa toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu từ các vị Tai Situpa Pema Wangchok Gyalpo và Jamgon Kongtrul Palden Khyentse Ưser. Sau đó, ngài nghiên cứu các kinh văn Mật tông với đại sư Gangkar Rinpoche và Khyentse Rinpoche. Ngài nhận được sự truyền thừa giáo pháp Đại thủ ấn (Mahamudra) từ vị đại sư Jamgon Kongtrul Palden Khyentse Ưser, và cũng nghiên cứu, học tập với rất nhiều bậc thầy nổi tiếng đương thời khác nữa.
Đức Karmapa đã đến thăm tu viện Lithang Pangphuk. Tại đây, ngài hiển thị quyền năng kỳ diệu của một vị Karmapa bằng cách để lại những dấu chân của ngài trên một tảng đá.
Năm 18 tuổi (1941), đức Karmapa trở lại Tsurphu và dành rất nhiều thời gian trong khoảng từ năm 1941 đến năm 1944 để sống ẩn cư. Mặc dù vậy, tu viện Tsurphu trong suốt giai đoạn này đã được mở rộng diện tích rất nhiều.
Đầu năm 1944, đức Karmapa bắt đầu củng cố mối quan hệ với các nước láng giềng theo Phật giáo trong vùng Hy-mã-lạp cũng như với Ấn Độ. Trong một chuyến hành hương đến miền nam Tây Tạng, đức Karmapa cũng chấp nhận lời mời của đức vua Bhutan là Jigme Dorje Wangchuk và đến thăm vương quốc Bhutan. Tại đây, ngài và những người cùng đi đã viếng thăm Bumthang ở miền bắc Bhutan và nhiều vùng khác. Đoàn đã tổ chức và tham gia rất nhiều hoạt động tín ngưỡng trong suốt thời gian này.
Năm 1945, ngài thọ giới cụ túc với vị Tai Situpa để chính thức trở thành một vị tỳ-kheo. Ngài cũng nhận được sự truyền dạy về những phần chuyên sâu hơn của giáo pháp dòng Karma Kagyu qua các buổi lễ truyền pháp. Ngài cũng được vị đại sư Urgyen Rinpoche truyền dạy cho toàn bộ giáo pháp của dòng Nyingma, được truyền lại bởi vị Terton Chojur Lingpa, người đã có những dự báo rất quan trọng về cuộc đời của các đức Karmapa sắp tới cho đến tận thế kỷ 21.
Năm 1947, đức Karmapa và phái đoàn của ngài lại hành hương đến Nepal và Ấn Độ. Tại Ấn Độ, ngài viếng thăm bang Sikkim ở vùng đông bắc Ấn Độ, trên sườn phía nam của dãy Hy-mã-lạp sơn. Cho đến thời điểm này, Sikkim vẫn còn là một vương quốc độc lập. Ngài cũng đến lễ bái ở nhiều thánh tích nơi đức Phật Thích-ca đã từng xuất hiện, như vườn Lam-tỳ-ni (Lumbini) ở Nepal, nơi đức Phật đản sinh; thành Ba-la-nại (Benares), nơi đức Phật lần đầu tiên chuyển pháp luân; và Bồ-đề Đạo tràng (Bodhgaya), nơi đức Phật thành đạo.
Sau khi đi xuyên qua vùng Kinnaur (thuộc bang Himachal Pradesh, miền bắc Ấn Độ) và Purang để viếng thăm núi Kailas, đức Karmapa trở về tu viện Tsurphu ở Tây Tạng trong năm 1948.
Vào năm 1948, tại Tsurphu ngài nhận được những chỉ dạy cuối cùng về giáo pháp truyền thống của dòng Karma Kagyu từ hai vị đạo sư: vị Palpung Kongtrul đời thứ hai và vị Tai Situpa đời thứ mười một. Cho đến lúc này, việc học tập giáo pháp của ngài xem như hoàn tất, không chỉ là giáo pháp của dòng Karma Kagyu, mà còn là của các dòng Sakya (Tát-ca) và Nyingma (Ninh-mã). Trong thực tế, vào năm 1953 chính ngài đã giảng dạy giáo pháp của Terton Chojur Lingpa (dòng Nyingma) cho Mindroling Rinpoche, người đứng đầu dòng Nyingma và là một trong bốn vị Đại Lạt-ma của Tây Tạng.
Năm 1954, đức Karmapa cùng với đức Đạt-lai Lạt-ma đời thứ 14 là Tenzin Gyatso và nhiều vị Lạt-ma cao cấp khác cùng viếng thăm Trung Hoa. Trên đường từ Trung Hoa trở về Tây Tạng, ngài dừng lại ở nhiều nơi để viếng thăm các tu viện ở miền đông Tây Tạng. Cũng trong chuyến đi này, qua một linh ảnh nhìn thấy trong thiền định, ngài nhận biết được vị Tai Situpa thầy dạy của mình viên tịch trong năm 1952 đã tái sinh. Ngài liền gửi những thông tin chỉ dẫn đến tu viện Palpung để yêu cầu tìm kiếm. Theo đúng những chỉ dẫn của ngài, người ta đã tìm được đứa trẻ tái sinh, hoàn toàn phù hợp với những gì ngài nhìn thấy trong thiền định. Trên đường trở về Tsurphu, ngài đã dừng lại để tổ chức lễ đăng quang cho vị Tai Situpa tái sinh này tại tu viện Palpung.
Năm 1956, đức Karmapa cùng với một phái đoàn cùng đi đã đến Sikkim và từ đó tiếp tục một cuộc hành hương. Ngài cùng với đức Đạt-lai Lạt-ma và đức Ban-thiền Lạt-ma đến Ấn Độ theo lời mời của Hội Phật giáo Đại Bồ-đề (Mahabodhi Society) ở Ấn Độ để tham gia Đại lễ kỷ niệm 2.500 năm ngày đức Phật thành đạo (Buddha Jayanti). Trong chuyến đi này, đức Karmapa và phái đoàn lại một lần nữa ghé thăm các thánh tích ở Ấn Độ để chiêm ngưỡng và lễ bái.
Cũng trong chuyến đi này, đức Karmapa củng cố mối quan hệ với các đệ tử của ngài là Tashi Namgyal, đức vua xứ Sikkim, và Ashi Wangmo, công chúa xứ Bhutan. Đức vua Sikkim mời ngài đến thăm Rumtek, một tu viện ở Sikkim được đức Karmapa đời thứ chín thành lập vào cuối thế kỷ 16. Ngài không nhận lời mời, nhưng hứa rằng sẽ đến đó trong tương lai vào một lúc thích hợp.
Đầu năm 1957, dân chúng đổ xô kéo về miền trung Tây Tạng để tỵ nạn. Một số đệ tử lớn của dòng Karma Kagyu cũng có mặt trong số người di cư tỵ nạn, như các vị Sangye Nyenpa Ripoche, Situ Rinpoche, Talep Rinpoche... Ngay trong giai đoạn rối rắm này, đức Karmapa phát hiện và công nhận hóa thân tái sinh của các vị Gyaltsab Rinpoche, Palpung Jamgon Kongtrul và Drongsar Chentse. Tu viện trung tâm Tsurphu trở thành nơi lánh nạn của các vị Tulku trẻ tuổi của dòng Karma Kagyu từ miền đông Tây Tạng tìm về. Bất chấp những khó khăn do tình hình chiến sự gây ra, đức Karmapa xem các vị này là trụ cột tương lai của dòng Karma Kagyu nên vẫn dành rất nhiều sự quan tâm chăm sóc và đào tạo cho các vị.
Khi chiến tranh diễn ra ngày càng khốc liệt hơn và gây thiệt hại nặng nề cho các tu viện cũng như đời sống tu tập tại Tây Tạng, ngài bắt đầu nghĩ đến những giải pháp để bảo toàn truyền thống tu tập của tông phái. Ngài đưa các vị Sangye Nyenpa Ripoche, Situ Rinpoche và Kalu Rinpoche sang Bhutan. Palpung Jamgon Kongtrul được đưa sang Ấn Độ. Và vào đầu năm 1959, ngài thông báo với đức Đạt-lai Lạt-ma rằng chính ngài cũng sẽ rời khỏi Tây Tạng nhằm mục đích bảo toàn Phật pháp.
Sau đó, đức Karmapa rời khỏi Tsurphu cùng với một phái đoàn tháp tùng đông đảo, khoảng 150 người gồm cả tăng sĩ và cư sĩ, trong đó bao gồm tất cả những vị Tulku có nhiều năng lực nhất. Đoàn người ra đi mang theo những thánh tượng, xá-lợi và những thánh vật khác do các vị Karmapa truyền lại và nhanh chóng tìm đường ra khỏi Tây Tạng. Mọi kế hoạch chi tiết của chuyến đi đã được người trợ lý chính của ngài là Dhamchoe Yondu dự tính kỹ lưỡng. Lịch trình chuyến đi được tính toán để cả đoàn sẽ đến được Bhutan mà không quá vất vả.
Dù vậy, đó là một chuyến đi để lại nhiều ấn tượng đáng kinh ngạc trong lòng mọi người và thực sự không dễ dàng. Trước hết, cả đoàn đã đi băng qua vùng phía nam của Lodrak, nơi các vị đạo sư Marpa và Milarepa đã sáng lập tông phái truyền thống mà họ đang tiếp bước. Tại đây cũng hiện hữu ngôi tháp chín tầng được xây một cách cực kỳ công phu và tỉ mỉ bởi duy nhất một mình ngài Milarepa, như một sự thử thách niềm tin của ngài đối với bậc đạo sư của mình. Gần 9 thế kỷ đã trôi qua nhưng ngôi tháp vẫn trơ trơ đứng đó như một sự thách thức với thời gian.
Khi cả đoàn sắp đến một sườn núi có độ cao 6.000 mét nằm ở biên giới Tây Tạng và Bhutan, hầu hết mọi người đều mệt mỏi và muốn dừng lại nghỉ ngơi trước khi vượt đèo. Nhưng đức Karmapa thúc giục họ tiếp tục đi, và nhất định phải vượt qua khỏi đèo ngay trong ngày hôm ấy. Mặc dù mệt mỏi, tất cả mọi người đều vâng lời ngài, và họ đã qua khỏi đèo trước khi trời tối.
Ngay khi đêm vừa xuống, một cơn bão tuyết ập đến và con đường lên đèo bị lấp kín. Bên kia đèo, về hướng Tây Tạng, một đoàn quân đuổi theo họ đã phải dừng lại vì không thể vượt qua bão tuyết. Cả đoàn người không hề hay biết rằng họ đang bị đuổi bắt lại, nhưng quyết định sáng suốt của đức Karmapa đã giúp họ vượt thoát.
Như vậy là, sau chuyến đi kéo dài ba tuần lễ, đoàn người đã an toàn đến được miền bắc Bhutan và được đón tiếp long trọng bởi nhiều quan chức cao cấp của chính phủ Bhutan cùng với vị công chúa Bhutan là Ashi Wangmo mà lúc này đã xuất gia thành một vị tỳ-kheo ni. Cũng tại đây, hai vị Tai Situpa và Kalu Rinpoche đã tìm đến để gia nhập vào đoàn.
Nhà vua Sikkim thỉnh cầu đức Karmapa đặt trụ sở chính của ngài tại Sikkim, và 2 tháng sau khi đến Bhutan thì đoàn của ngài đã rời Bhutan đến vùng Gangtok của Sikkim.
Trong số rất nhiều địa điểm được đức vua Tashi Namgyal của Sikkim đề nghị, đức Karmapa đã chọn Rumtek. Ngài tuyên bố rằng Rumtek sẽ là trụ sở chính của ngài ở ngoài nước, mặc dù ngài vẫn hy vọng là có một ngày sẽ được trở về Tây Tạng.
Đức Karmapa và đoàn tùy tùng rời Gangtok đi Rumtek ngay sau khi đức vua Sikkim chấp thuận việc ngài sẽ cư trú tại Rumtek. Mặc dù tu viện tại Rumtek đã được đức Karmapa đời thứ chín xây dựng từ nhiều thế kỷ trước đây, nhưng đến năm 1959 thì tất cả hầu như đã đổ nát. Dân cư quanh vùng Rumtek cũng còn chưa phát triển và không có đủ những điều kiện cần thiết cho sự lưu trú của đức Karmapa cùng với đoàn người đi theo ngài. Đức Karmapa và các vị đạo sư cùng với mọi người phải sống trong những căn lều tạm. Trong thời gian đó, đức Karmapa cố gắng tìm kiếm những nguồn tài trợ để có thể bắt đầu xây dựng lại tu viện cũng như có thể đảm bảo điều kiện sống cho những người đi theo ngài.
Năm 1963, công việc xây dựng tu viện mới với tên gọi Shedrub Chokhor Ling được bắt đầu. Viên đá đầu tiên được đặt xuống công trình xây dựng này bởi chính tay đức vua mới lên ngôi của Sikkim là Palden Thondup Namgyal. Vị trợ lý chính của đức Karmapa là Dhamchoe Yongdu chịu trách nhiệm điều hành công việc và kinh phí xây dựng chủ yếu dựa vào sự cúng dường của hoàng gia Sikkim. Sau đó, khi đức Karmapa gặp gỡ Thủ tướng Pandit Nehru của Ấn Độ thì chính phủ Ấn Độ quyết định dành một khoản tài trợ cho công việc xây dựng tại Rumtek là 1,4 triệu rupee, tương đương khoảng 35.000 đô-la Mỹ.
Việc xây dựng tu viện Shedrub Chokhor Ling hoàn tất vào năm 1966. Những thánh vật và xá-lợi mang theo từ Tây Tạng được tôn trí tại đây. Vào ngày đầu năm mới theo lịch Tây Tạng, đức Gyalwa Karmapa chính thức tuyên bố nơi đây là trụ sở mới các vị Karmapa với tên gọi là Trung tâm Hoằng pháp (The Dharmachakra Center), là nơi đáp ứng những điều kiện tu tập và hành trì giáo pháp cho tất cả mọi người dưới sự dẫn dắt của các đức Karmapa.
Năm 1974, đức Karmapa đời thứ mười sáu bắt đầu chuyến du hóa đầu tiên trên thế giới. Trong chuyến đi này, ngài viếng thăm Hoa Kỳ, Canada và một số nước châu Âu. Cùng đi với ngài có các bậc đạo sư khác của phái Karma Kagyu và rất nhiều vị tăng sĩ. Ngài đã có rất nhiều buổi thuyết giảng giáo pháp gây ảnh hưởng sâu xa trong cộng đồng phương Tây. Ngài cũng thực hiện nhiều nghi lễ ban phước lành, lễ truyền pháp cũng như đưa ra những lời khuyên dạy về phương thức tu tập cho Phật tử ở những nơi ngài viếng thăm.
Vào khoảng giữa tháng giêng năm 1975, đức Karmapa có đến Rome để gặp gỡ lần đầu tiên với đức Giáo hoàng Paul Đệ lục.
Trong năm 1976-1977, đức Karmapa du hóa phương Tây một lần nữa với những buổi tiếp xúc và truyền pháp được mở rộng hơn. Tiếp theo đó là một chuyến đi dài vòng quanh thế giới, ngài đã viếng thăm các trung tâm tôn giáo trên khắp các châu lục, gặp gỡ các nhà lãnh đạo chính trị, tôn giáo ở nhiều quốc gia, cũng như tiếp xúc với đông đảo quần chúng thuộc đủ mọi tầng lớp trong xã hội.
Trong khoảng hai thập niên 1960 và 1970, hoàng gia Bhutan đã cúng dường đức Karmapa một tòa lâu đài và một vùng đất rộng để ngài có thể thiết lập một tu viện lớn. Mối quan hệ giữa ngài và Bhutan càng được củng cố chặt chẽ hơn nữa qua hai thập kỷ này.
Vào ngày 28 tháng 11 năm 1979, đức Karmapa đặt nền móng đầu tiên cho việc xây dựng một trung tâm hoằng pháp nằm về phía đông nam New Delhi, Ấn Độ, trong một buổi lễ long trọng có sự tham dự của Tổng thống và Thủ tướng Ấn Độ. Trung tâm hoằng pháp này dự kiến sẽ là một cơ sở dành cho nghiên cứu học tập giáo pháp cũng như thực hành thiền định, và đặc biệt là đảm nhận cả việc phiên dịch, in ấn và phát hành kinh điển.
Tháng 5 năm 1980, đức Karmapa bắt đầu chuyến du hóa cuối cùng vòng quanh thế giới. Ngài viếng thăm Hy Lạp, Anh, Hoa Kỳ và vùng Đông Nam Á. Trong chuyến đi này, ngài có nhiều buổi thuyết giảng giáo pháp và tổ chức các buổi lễ đội vương miện kim cương, lễ truyền pháp, trả lời phỏng vấn của giới báo chí, nói chuyện với công chúng và tham gia nhiều hoạt động phúc lợi xã hội.
Ngày 5 tháng 11 năm 1981, đức Karmapa đời thứ mười sáu để lại một di thư và viên tịch trong một bệnh viện tại Zion, một địa điểm gần Chicago, thuộc bang Illinois, Hoa Kỳ. Di thể (kudung) của ngài được đưa về Ấn Độ bằng máy bay.
Ngày 20 tháng 12 năm 1981, lễ hỏa táng nhục thân đức Karmapa được cử hành ở tu viện tại Rumtek. Nhân dân Ấn Độ và hàng chục ngàn đệ tử của ngài từ khắp nơi trên thế giới đã quy tụ về đây để tham dự buổi lễ này.
Ngày 21 tháng 12 năm 1981, xá-lợi của ngài thu thập sau lễ hỏa táng được đặt trong một hộp thiêng (jangchub chorten) để thờ kính.
Một cuộc họp mở rộng các vị lãnh đạo của phái Karma Kagyu được tổ chức tại Rumtek theo sự triệu tập của Dhamchoe Yongdu, vị trợ lý thứ nhất của đức Karmapa đời thứ mười sáu. Dhamchoe Yongdu đã yêu cầu bốn vị Rinpoche lớn là Shamar Rinpoche, Tai Situ Rinpoche, Jamgon Kongtrul Rinpoche và Goshir Gyaltsab Rinpoche cùng nhau thành lập một hội đồng để tạm điều hành mọi hoạt động của tông phái. Hội đồng này cũng chịu trách nhiệm về việc nghiên cứu các chi tiết trong di thư của đức Karmapa để tìm ra hóa thân tái sinh của ngài. Cả 4 vị Rinpoche đã nhận lãnh trách nhiệm và bày tỏ sự mong muốn sẽ sớm hoàn tất được những ý nguyện của đức Karmapa.
Trong suốt cuộc đời mình, đức Karmapa đời thứ mười sáu đã thể hiện tấm gương mẫu mực của một vị đạo sư chứng ngộ. Những lời dạy của ngài mang lại lợi ích lớn lao trong cuộc sống cho tất cả những ai có may mắn được gặp ngài, và ngay cả cho những ai chỉ được biết đến những lời dạy ấy qua sự truyền tụng, ghi chép.
Cũng tương tự như tất cả những vị đạo sư chứng ngộ từ xưa nay, ngài thể hiện những quyền năng mầu nhiệm và những thần thông tự tại mà kiến thức thông thường của con người không thể nào lý giải được. Việc ngài để lại những dấu chân trên đá cứng là một sự thật được nhiều người truyền tụng, nhưng không ai có thể giải thích được là vì sao ngài có thể làm được điều đó!
Một hôm, khi ngài đang tắm ở suối nước nóng Tarzi, những con rắn độc từ trong các khe đá gần đó kéo nhau bò ra và quấn quanh người ngài, nhưng ngài vẫn tươi cười không biểu lộ chút gì sợ hãi. Và sự thật là chúng không hề làm hại ngài!
Có một lần, trước sự chứng kiến của rất đông người, ngài cầm trên tay một thanh kiếm to nặng và nhẹ nhàng uốn cong nó lại, quấn tròn và gút lại như thể đó là một sợi dây mềm mại.
Nhiều người được chứng kiến đã kể lại rằng, với sự hiện diện của ngài, nhiều loài vật bình thường vốn chẳng bao giờ ưa thích nhau bỗng trở nên hiền hòa và biểu lộ sự thương yêu, gần gũi nhau.
Một lần ở Rumtek, sau khi chụp ảnh đức Karmapa, người thợ nhiếp ảnh đã bàng hoàng kinh ngạc sau khi rửa ảnh vì nhìn thấy ở vị trí của ngài trong bức ảnh lại chẳng có gì cả, giống như đó là một vật thể vô hình. Ông ta đã khảo sát rất kỹ âm bản phim và bản in phóng đại của bức ảnh nhưng không tìm thấy một lỗi kỹ thuật nào. Vì thế, ông hoàn toàn không thể đưa ra bất cứ lời giải thích nào cho hiện tượng kỳ lạ này.
Những hiện tượng mầu nhiệm như trên trong cuộc đời ngài còn có thể kể ra nhiều vô số. Tuy nhiên, phần lớn đều được truyền tụng bởi những người Phật tử, bởi những người hết lòng tin kính ngài. Điều gây ấn tượng nhất đối với thế giới phương Tây có lẽ chính là khi ngài thể hiện sự mầu nhiệm ấy cho cả những người chưa từng biết đến Phật pháp cũng được chứng kiến. Đó là vào thời điểm ngài viên tịch.
Điều không sao giải thích được đã xảy ra tại bệnh viện American International Clinic ở Zion thuộc bang Illinois, Hoa Kỳ, nơi ngài viên tịch, và được ghi chép lại bởi một bác sĩ người Ấn Độ là Kotwal. Ông này đã chịu trách nhiệm về việc chăm sóc sức khỏe cho đức Karmapa trong nhiều năm.
Vào thời điểm đức Karmapa viên tịch, cơ thể của ngài vẫn giữ nguyên tư thế thiền định trong 3 ngày liền. Suốt thời gian này, trái tim ngài vẫn giữ được độ ấm và da thịt vẫn mềm mại như khi còn sống. Các bác sĩ đã vô cùng kinh ngạc khi chứng kiến sự thật này, mặc dù mọi dấu hiệu y khoa đều chứng tỏ là ngài thực sự đã chết. Rất nhiều nhân viên của bệnh viện đã tìm đến để có thể tận mắt chứng kiến sự kiện chưa từng có và không thể giải thích này. Chỉ sau 3 ngày, các dấu hiệu thông thường của sự chết mới bắt đầu xuất hiện nơi cơ thể ngài.
Trong buổi lễ hỏa táng nhục thân của đức Karmapa tại tu viện Rumtek, bốn vị Rinpoche đã tuần tự mang những vòng mạn-đà-la cúng dường lên ngài. Khi đến lượt Tai Situpa, vị này tiến lên phía bắc của dàn hỏa thiêu để dâng vòng mạn-đà-la và chợt nhìn thấy một vật gì đó rơi xuống từ di thể của đức Karmapa đang bốc cháy trong ngọn lửa. Khi Tai Situpa cho người đến xem thì mới biết đó chính là trái tim của đức Karmapa, vẫn còn nguyên vẹn dù có hơi cháy sém ở bề mặt. Trái tim này được giữ lại như một thánh vật, hiện được đặt trong một tháp nhỏ bằng vàng ở tu viện Rumtek để thờ kính.
Nhiều hạt xá-lợi được tìm thấy sau khi hỏa táng, và một số các mẩu xương vẫn còn nguyên vẹn cho thấy chúng đã được hình thành theo dáng của các tượng Phật. Những hiện tượng mầu nhiệm này hầu như lặp lại một cách chính xác những gì đã từng xảy ra trước đây khi đức Karmapa đời thứ nhất là Dsum Khyenpa viên tịch cách đây 8 thế kỷ!
Mấy ngày sau lễ hỏa táng, đại sư Jamgưn Kongtrul Rinpoche tình cờ phát hiện có những dấu chân hài nhi in trên vòng mạn-đà-la đặt ở phía bắc của lễ đài. Có lẽ đức Karmapa đã để lại dấu hiệu cho thấy phương hướng nơi ngài sẽ tái sinh.
Thật ra, không chỉ những hiện tượng mang tính siêu nhiên như trên mới là mầu nhiệm, mà ngay chính cuộc đời của ngài cũng là cả một sự mầu nhiệm và hoàn hảo. Dưới sự hướng dẫn của ngài, các vị Tulku và Rinpoche của truyền thống Karma Kagyu đã tạo ra được sự quan tâm sâu sắc trong các cộng đồng dân cư ở Hoa Kỳ, châu Âu và cả ở vùng Đông Nam Á, thông qua các trung tâm hoằng pháp và tu tập mà ngài đã thành lập và điều hành.
Ngài đã dành trọn cả đời mình để tạo ra nền tảng quan trọng và thiết yếu cho việc truyền giảng giáo pháp cũng như sự phát triển của Phật pháp trên toàn thế giới, thông qua việc giáo dục, đào tạo các vị Lạt-ma và tăng sĩ trẻ tuổi, nuôi dưỡng sự phát triển của tăng đoàn, và hỗ trợ vật chất cũng như tinh thần cho việc in ấn, thu thập và phiên dịch kinh điển cũng như luận giải của các vị Tổ sư.
Trong suốt cuộc đời, ngài đã chủ trì lễ xuất gia cho nhiều ngàn vị tăng, nhận biết và đào tạo hàng trăm vị Tulku. Đặc biệt, ngài đã tổ chức việc in ấn và phát hành đến rất nhiều trung tâm tu học bản in đầy đủ của Tam tạng kinh điển (Kinh, Luật, Luận) và những bản sớ giải, luận giải quan trọng kèm theo. Đây là một khối lượng bản in cực kỳ đồ sộ và đòi hỏi những khoản kinh phí khổng lồ, nhưng ngài đã thực hiện được điều đó chỉ hoàn toàn dựa vào nếp sống đạo hạnh của mình.
Niềm tin mà đức Karmapa tạo ra cho tất cả những ai đã từng được tiếp xúc với ngài đã khiến cho sự ra đi của ngài không để lại bất cứ sự xáo trộn tinh thần nào. Mọi người đều tin chắc rằng không bao lâu ngài sẽ trở lại thế giới này để tiếp tục dẫn dắt họ trên con đường vươn lên chân lý giải thoát.
Và điều này đã trở thành hiện thực khi tin tức về sự tái sinh của ngài tại Tây Tạng được chính thức công bố và Văn phòng nội các của đức Đạt-lai Lạt-ma đời thứ 14 đã ra thông báo xác nhận vào ngày 30 tháng 6 năm 1992.