Trên căn bản thanh tịnh hóa, không có khác biệt gì giữa hai giai đoạn tu tập Tự Khởi và Hoàn Tất [trong Mật tông Trì chú Tối Thượng Du Già]. Trong giai đoạn Tự Khởi, hành giả lấy sự chết, trung ấm và tái sinh căn bản làm căn cứ tu tập thanh tịnh hóa. Về tác nhân thanh tịnh hóa, hành giả chuyên tâm tu ba pháp môn ‘nhập vào con đường đạo’, và các chi nhánh của ba pháp môn tu tập này.

Điều đó nghĩa là, tương ưng với các khía cạnh của các giai đoạn chết, trung ấm và tái sinh, hành giả nương sự chết để nhập vào đạo bằng Pháp thân, nương thân trung ấm để vào đạo bằng Báo thân, nương tái sinh để vào đạo bằng Hóa thân.

Trong tiến trình tu tập du già quán Phật, hành giả bắt đầu thiền quán tánh Không theo quán tưởng mô hình tám dấu hiệu sự chết, nhờ đó, nương sự chết để vào đạo bằng Pháp thân Phật. Từ sự thực chứng tánh Không bất nhị, hành giả du già khởi hiện thành hình dạng của một chủng tự (từ chủng tự đó xuất hiện toàn thân dạng của vị Phật quán tưởng) hoặc hành giả hóa thành một biểu tượng của tay v.v... – trí tuệ tâm thức tự nó làm căn cứ của sự biến hóa này. Đó là cách làm thế nào để chuyển thân trung ấm vào con đường đạo bằng Báo thân. Sau đó trí tuệ tâm thức khởi hiện thành thân dạng của vị Hộ Phật quán tưởng là nương tái sinh để vào đạo bằng Hóa thân. Sử dụng tu tập Tánh Không và Du già quán Hộ Phật làm mô hình trên tiến trình của sự chết, trung ấm và tái sinh chỉ có trong pháp môn Trì chú Tối thượng Du Già, không có trong truyền thống hành trì của ba pháp môn Mật tông thấp hơn là: Hành động, Tư duy và

Du già.

Nhờ thế, bằng cách gián tiếp, ba trạng thái – chết bình thường, trung ấm và tái sinh – được rửa sạch, thanh tịnh hóa, và hành giả thực chứng Tam thân Phật và hòa hợp với bản thể của ba thân. Giai đoạn Hoàn Tất là giai đoạn thanh lọc thực sự của ba trạng thái chết, trung ấm và tái sinh căn bản, nhờ tu tập con đường đạo hòa hợp bản thể của ba thân.

Giai đoạn hoàn tất chia làm 6 phần hành trì:

1. Cô lập thân
2. Cô lập khẩu
3. Cô lập ý
4. Huyễn thân
5. Tịnh quang
6. Hợp nhất

Sự cô lập ra khỏi thân là một pháp môn Du Già, trong đó các uẩn, phần tử và căn cứ v.v... đều bị cô lập ra khỏi thân và các tâm hành phàm phu bằng cách nhập định miên mật, đóng một dấu ấn, niêm kín với trạng thái hỷ lạc và Tánh Không, như thế qua sự cô lập, thành tựu hai trạng thái trên trong giai đoạn Hoàn Tất và hòa hợp hóa thành vị Hộ Phật đã chọn.[67]

Cô lập khẩu là pháp môn du già hành giả cô lập khí cực vi căn gốc của lời nói ra khỏi sự chuyển động bình thường của khí, do đó khí và câu chú được trì hợp nhất không còn phân biệt được.[68]

Cô lập ý là pháp môn du già hành giả cô lập ý thức, là gốc rễ của luân hồi sinh tử và của Niết Bàn, ra khỏi mọi khái niệm tâm hành cũng như ra khỏi các khí làm căn cứ của ý; chuyển hóa tâm ý thức này thành một thực thể của trạng thái hỷ lạc và tánh Không vô phân biệt.[69]

Qua ba pháp môn du già này, bốn trạng thái Không được phát sinh trong tâm thức, dù là chỉ vào lúc cuối cùng của phần cô lập ý – phần thứ ba – bốn

trạng thái Không mới xuất hiện hoàn toàn.

Các phần [yếu tố trong giai đoạn Hoàn Tất] có dạng thức tương ưng với bản thể của ánh tịnh quang của sự chết là màn trắng xuất hiện, đỏ tăng dần, đen cận mãn và tịnh quang [hiện ra khi] một bậc hữu học hành trì các phần cô lập thân, cô lập khẩu, cô lập ý, huyễn thân và hợp nhất.

Trạng thái hợp nhất ánh tịnh quang và huyễn thân của một bậc vô học chính là Phật quả giác ngộ; giai đoạn hành trì trước đó là của các bậc Bồ Đề Tát Đỏa hữu học.

Các phần [yếu tố trong giai đoạn Hoàn Tất] có dạng thức tương ưng với bản thể của thân trung ấm là huyễn thân ô trược của phần hành trì 3 [đúng ra là phần 4, vì ở đây, phần hành trì 1 và 2 được kết hợp chung, tóm gọn 6 phần hành tr�